В EES кроме общих данных каждого путешественника (ФИО, дата рождения, биометрия, национальность) будут регистрироваться сведения о его проездных документах, дате, времени посещений ЕС, пограничных пунктах въезда/выезда и визах (включая трехбуквенный код государства ЕС, которое выдало визу, а также тип визы и срок действия). Храниться данные будут в общей визовой информационной системе («Visa Information System» или сокращенно «VIS»), к которой будут подключены все государства ЕС. Кроме того, будет запущен онлайн-сервис, с помощью которого сами граждане третьих стран смогут проверить, сколько дней они могут оставаться на территории Шенгенской зоны.
Отдельные европейские государства уже начали тестировать систему для того, чтобы понять, в том числе и скорость, с которой туристы будут пересекать границу. В пиковый сезон от этого зависит количество сотрудников пограничного контроля: чем медленнее система работает, тем больше длина очередей и количество жалоб.
При въезде в пространство ЕС основной процедурой, на которую тратится наибольшее количество времени, остается биометрия: при этой процедуре турист должен приложить к специальному сканеру палец, а пограничник сравнить полученное изображение капиллярной сетки с тем, что уже есть в информационной базе VIS (они попадают туда тогда, когда туристы получают визу).
Одним из первых государств, опробовавших данное новшество, явилась Чешская Республика. Там среднее время обработки паспорта одного туриста составило всего-лишь 89 секунд. Однако, в других странах статистика оказалась не столь радостной, в связи с чем разные государства ЕС в «сборнике замечаний» указали о том, что более длительные задержки при пограничном контроле на данный момент неизбежны. Например, Германия признала, что из-за EES «контрольное время» прохождения границы увеличится вдвое – такого же мнения придерживаются и в Австрии. Как заявили в МИД Австрийской Республики: «возникающие в результате регулирования EES дополнительные задачи приведут к резкому увеличению времени обработки документов: по сравнению с текущей ситуацией оно удвоится. Это также повлияет на время ожидания на границе в пунктах пересечения границы шести международных аэропортов Австрии. Кроме того, МИД Австрии заявил о том, что пограничный контроль в целом станет более сложным, так как теперь сотрудникам пограничных служб придется различать визовых и безвизовых путешественников.
По расчетам властей Польши, теперь время прохождения одним пассажиром пограничного контроля увеличиться с 30 секунд до двух минут, при условии отсутствия дополнительных действий.
В Словении считают, что время пограничного контроля увеличится в четыре раза по сравнению с текущей ситуацией. Пессимистичный настрой наблюдается и в Хорватии, которая на данный момент является государством-кандидатом в Шенгенскую зону: туристам придется тратить на пограничный контроль в два раза больше времени, нежели чем сейчас.
В качестве выхода из сложившейся ситуации, в странах ЕС рассматривают автоматизацию пограничного контроля и установление электронных ворот с киосками самообслуживания. Например, Италия планирует установить приблизительно 600 таких киосков, расставленных в каждом аэропорту, а особенно в тех, где зафиксированы значительные объёмы вне-шенгенских перевозок.